Dix-huit avril 2009, Jon Anza part pour Toulouse. Sa compagne, Maixo Pascassio, le quitte au départ du train à 7 heures. Il est malade, atteint d’une tumeur au cerveau, il est en possession de médicaments pour un mois et d’ordonnances renouvelables. Il porte des lunettes à monture noire et a l’obligation de les porter en permanence. Son billet retour est dans sa poche : il doit rentrer deux jours plus tard.

Le 15 mai, la famille dénonce sa disparition et dépose une requête auprès du parquet de Bayonne. Jon Anza n’a pas donné signe de vie depuis son départ et ne s’est pas rendu, le 24 avril, au rendez-vous fixé chez son médecin de Bordeaux pour la radiothérapie. Une enquête pour disparition inquiétante est ouverte.

Le 20 mai, le quotidien Gara publie un communiqué d’ETA dans lequel l’organisation armée affirme que Jon Anza est un de ses membres, qu’il se rendait à Toulouse pour remettre le 18 avril une “importante somme d’argent” à une de ses structures. Rendez-vous auquel il ne s’est jamais rendu. Le 19 avril, Jon Anza n’apparaît toujours pas au second rendez-vous de sécurité fixé dans la ville rose.

ETA accuse directement les gouvernements français et espagnol de sa disparition. Elle affirme qu’ils “connaissaient [son] engagement”. Plusieurs indices prouvant le lien entre Jon Anza et l’organisation sont entre les mains des policiers, notamment, des empreintes retrouvées dans une cache à Saint-Pée-sur-Nivelle quelques temps auparavant. Le ministre de l’Intérieur espagnol Alfredo Pérez Rubalcaba insinue que le militant s’est enfui avec l’argent et que sa disparition est “un problème d’ETA”.

Son corps est finalement retrouvé le 11 mars 2010. Un an avant, dans la nuit du 29 au 30 avril, un individu a eu un malaise sur la voie publique à Toulouse. Conduit à l’hôpital Purpan, il y est décédé le 11 mai. De nombreux “dysfonctionnements” seront évoqués par la suite par les autorités françaises pour justifier l’absence d’identification de Jon Anza plus tôt. Son autopsie posera des difficultés, le corps étant en décomposition avancée.